Pythonによるデータ分析環境を構築するため、Minicondaをインストールする。
Minicondaはデータ分析用パッケージをまとめたディストリビューションである。
scipyやnumpyといったPythonのデータ分析パッケージを簡単にインストールできるようになる。
Minicondaの他にはAnacondaというディストリビューションがあるが、Anacondaが最初からパッケージが付いてくるが、Minicondaは自分でパッケージを選んでインストールするという方式になる。
- Minicondaのインストール
- Minicondaの仮想環境構築
- Minicondaの仮想環境に追加でパッケージをインストール
1. Minicondaのインストール
前回はpyenvでPythonをインストールしたが、このpyenvでMinicondaもインストールすることができる。
どのバージョンがインストールできるか確認する。
pyenv install -l | grep miniconda
一番新しいバージョンのMinicondaのインストール。
sudo pyenv install miniconda3-3.8.3
pyenvでインストールした場合、以下のコマンドを打つ。
sudo pyenv rehash
インストールされたか確認する。
pyenv versions # 以下が表示された system 3.4.3 miniconda3-3.8.3 * test01 (set by /home/runble1/.python-version)
インストールされたので、Minicondaを使うようにする。
これでcondaコマンドを使えるようになる。
sudo pyenv global miniconda3-3.8.3
condaに最初から入ってるパッケージを確認してみる。
データ分析系のパッケージはデフォルトでは入ってなかった。
conda list # 以下が表示された # packages in environment at /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3: # conda 3.11.0 py34_0 conda-env 2.1.4 py34_0 openssl 1.0.1k 1 pip 6.1.1 py34_0 pycosat 0.6.1 py34_0 python 3.4.3 0 pyyaml 3.11 py34_0 readline 6.2 2 requests 2.6.2 py34_0 setuptools 15.1 py34_1 sqlite 3.8.4.1 1 system 5.8 2 tk 8.5.18 0 xz 5.0.5 0 yaml 0.1.4 0 zlib 1.2.8 0
2. Minicondaの仮想環境構築
Minicondaの仮想環境を作成しておく。
仮想環境ごとにインストールするパッケージを変えることができるので便利。
「test01」が仮想環境名で、numpy以降は同時にインストールするパッケージになる。
conda create -n test01 numpy scipy scikit-learn matplotlib cython ipython ipython-notebook pandas statsmodels sympy
作成されたか確認する。
conda info -e # 以下が表示された。 # conda environments: # test01 /home/runble1/.conda/envs/test01 ml_env /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3/envs/ml_env root * /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3
現在は rootの方が有効(active)になっているので、test01をactiveにする。
ここで注意なのだが、pyenvを使用しているとpyenvのactivateとcondaのactivateがバッティングしシェルが落ちるため、フルパスを指定してactivateする。
source /home/runble1/.conda/envs/test01/bin/activate test01 # 以下が表示された discarding /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3/envs/ml_env/bin from PATH prepending /home/runble1/.conda/envs/test01/bin to PATH
test01が有効になると、カーソルの一番左に(test01)とつく。
追記
miniconda3-3.10.1ではactivateのいちが違ってた。
source /home/vagrant/.pyenv/versions/miniconda3-3.10.1/envs/test01/bin/activate test01
conda info -e # 以下が表示 # conda environments: # test01 * /home/runble1/.conda/envs/test01 ml_env /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3/envs/ml_env root /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3
以下のコマンドでも、現在自分がどの仮想環境にいるか確認できる。
*が付いているところにいる。
conda info -e # 以下が表示 # conda environments: # test01 * /home/runble1/.conda/envs/test01 ml_env /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3/envs/ml_env root /usr/local/pyenv/versions/miniconda3-3.8.3
仮想環境から抜けたい場合は以下のコマンド。
(test01)が消える。
sourcde deactivate
3. Minicondaの仮想環境に追加でパッケージをインストール
まず、現在の仮想環境に入ってるパッケージを確認してみる。
conda list # 以下が表示された # packages in environment at /home/runble1/.conda/envs/test01: # cython 0.22 py34_0 fontconfig 2.11.1 3 freetype 2.5.2 0 ipython 3.1.0 py34_0 ipython-notebook 3.1.0 py34_1 jinja2 2.7.3 py34_1 jsonschema 2.4.0 py34_0 libpng 1.5.13 1 libsodium 0.4.5 0 libxml2 2.9.0 0 markupsafe 0.23 py34_0 matplotlib 1.4.3 np19py34_1 mistune 0.5.1 py34_1 nose 1.3.6 py34_0 numpy 1.9.2 py34_0 openssl 1.0.1k 1 pip 6.1.1 py34_0 ptyprocess 0.4 py34_0 pygments 2.0.2 py34_0 pyparsing 2.0.3 py34_0 pyqt 4.11.3 py34_1 python 3.4.3 0 python-dateutil 2.4.2 py34_0 pytz 2015.2 py34_0 pyzmq 14.6.0 py34_0 qt 4.8.6 1 readline 6.2 2 scikit-learn 0.16.1 np19py34_0 scipy 0.15.1 np19py34_0 setuptools 15.1 py34_1 sip 4.16.5 py34_0 six 1.9.0 py34_0 sqlite 3.8.4.1 1 system 5.8 2 terminado 0.5 py34_0 tk 8.5.18 0 tornado 4.1 py34_0 xz 5.0.5 0 zeromq 4.0.5 0 zlib 1.2.8 0
仮想環境を作成する際にインストールしたパッケージが確認できる。
このtest01に追加でパッケージをインストールする場合、test01をactivateにした状態でconda installコマンドを実行する。
pandasを追加でインストールしてみよう。
conda install pandas
確認してみる。
conda list # 以下が追加で表示されている pandas 0.16.0 np19py34_1
SymPyも追加でインストール。
conda install sympy
# 以下が追加で表示されている sympy 0.7.6 py34_0
参考
Pythonで機械学習アプリケーションの開発環境を構築する – Qiita
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